Ce mercredi matin, Jean-François Delfraissy n’y a pas été par quatre chemins au micro de France Info : « Je suis très préoccupé par le variant anglais », assume le patron du Conseil scientifique. Lequel a rendu un avis mardi soir avant d’éventuelles annonces jeudi. Mais pour savoir si la France vit une « invasion » de ce nouveau variant – appelé par commodité « anglais », mais dont le petit nom officiel est en réalité Voc 202012/01 –, encore faudrait-il avoir les moyens de le pister.

« L’objectif est d’identifier ce variant pour retarder au maximum sa diffusion, expliquait vendredi dernier Bruno Coignard, directeur des maladies infectieuses à Santé publique France (SPF). Je dis bien retarder, et non empêcher. »

Comment se passe le séquençage ?

Premier problème : la France a un certain retard dans le séquençage. Pour savoir si le variant anglais se diffuse et où, il faut séquencer les échantillons de tests PCR positifs. Et nous sommes très loin des Britanniques et des Danois, champions d’Europe en la matière. « Les Britanniques séquencent 10 % de leur population contaminée par le Covid-19, les Danois 5 %, et nous moins de 1 % », regrette Gilles Pialoux, chef du service des maladies infectieuses à l’hôpital Tenon, à Paris. Qui précise qu'« un séquençage prend trois jours. » « On a une marge de progrès », reconnaît Daniel Lévy-Bruhl, épidémiologiste à Santé Publique France.

Deuxième défi : pour faire un séquençage, il faut un prélèvement avec une charge virale importante. Pour certains, elle n’est pas suffisante. Par ailleurs, « parfois, les prélèvements ne sont plus disponibles, souligne Bruno Coignard. Les laboratoires conservent en général sept jours les écouvillons. Mais ils sont limités par leur capacité de stockage, donc les écouvillons sont détruits. Nous avons passé des consignes pour conserver en priorité les écouvillons des RT PCR des patients positifs. »

Il sera tout simplement impossible de séquencer tous les prélèvements. Pour avoir un ordre d’idée, la Royaume-Uni arrive à en faire 10.000 par semaine. Et il y a eu en France près de 100.000 tests positifs entre le 28 décembre et le 3 janvier. « On est en train d’identifier les personnes qu’il faut séquencer, explique Bruno Coignard. On a diffusé à tous les laboratoires des directives pour repérer les cas suspects, notamment un antécédent de voyage dans les quatorze derniers jours. Mais ce critère de provenance va devenir moins pertinent. » Lla personne atteinte par le variant anglais et testée à Bagneux n’avait en effet aucun lien avec l’Outre-Manche.

Comment améliorer cette surveillance ?

La France semble pourtant mettre un coup d’accélérateur. Les opérations massives de dépistage, par exemple à Roubaix, ciblent ce variant anglais. A Marseille, selon l'ARS, contactée par notre journaliste locale, « le protocole national prévoit que l'on teste en séquençage le patient zéro et le dernier cas identifié dans les cas contacts les plus éloignés. On l'a fait et on en a ajouté six supplémentaires. »

La semaine dernière, les labos du Centre national de référence de Lyon pouvaient réaliser 400 séquences par semaine. Ils en ont fait 100.000 en quelques jours. « Il y a 46 laboratoires hospitaliers en capacité de séquençage mobilisés actuellement », insiste Bruno Coignard. « Dans notre groupe hospitalier, le laboratoire de virologie séquence les tests de décembre et janvier », renchérit Gilles Pialoux. En revanche, point positif, certains tests PCR, avec un réactif particulier (le Thermo Fisher), permettent d’avoir une suspicion de la présence de ce variant, et donc de faire une première sélection.

« Il faudrait surtout faire de l’épidémiologie génomique : confronter l’analyse du génome [le séquençage] et les données épidémiologiques », poursuit Gilles Pialoux. Objectif bien compris par nos autorités sanitaires, puisqu’une étude flash a été menée la semaine dernière, pilotée par Bruno Lina au CNR de Lyon. Jean-François Delfraissy a précisé ce mercredi sur France Info qu’elle dévoile que sur 100.000 tests PCR scrutés, 1 % révèle la présence de ce variant anglais. Et qu’il est présent dans tout le pays. Mais vu la vitesse de propagation du variant, cette photographie est déjà obsolète. Santé Publique France assure que cette enquête flash sera répétée à intervalles réguliers pour suivre cette évolution.

Une organisation centralisée outre-Manche

« Certains labos sont en train de s’équiper de plateformes capables de séquencer 200 génomes par semaine, reprend Gilles Pialoux. Mais pour accélérer cette traque, il faut des moyens et une gouvernance nationale. » En effet, si l’on regarde à nouveau chez nos voisins britanniques, il y a une organisation centralisée du séquençage. Ils ont mis en place un consortium permettant de rassembler toutes les données remontées par les laboratoires du pays, les analyser et les diffuser en temps réel à l’international. Fin décembre, sur la plateforme internationale Gisead (initialement développée pour la grippe, mais utilisée aujourd’hui pour le SARS-CoV-2) sur les 322.000 génomes publiés, 146.000 venaient de Grande-Bretagne et 2.900 de France.

Cet effort de collecte semble nécessaire pour aujourd’hui, mais aussi pour demain. Car le coronavirus ne va pas s’arrêter de muter. Nous avons déjà trois cas du variant sud-africain, qui inquiète également les autorités sanitaires. Et Jean-François Delfraissy prévenait ce mercredi que d’autres souches ont fait leur apparition, notamment en Suisse. « Il faudra être en capacité de détecter les prochains variants qui poseraient question », prévient Bruno Coignard.